Ειδικη εκδοση του prototype 2.14 μήνες έχουν περάσει από τότε που η New York Zero μολύνθηκε και μετατράπηκε σε εμπόλεμη ζώνη. Υπεύθυνος είναι ο Alex Mercer ο οποίος έχει γίνει πλέον φόβητρο και η σκιά του δεσπόζει την πόλη. Στο νέο Prototype 2 αναλαμβάνετε τον ρόλο του Sgt. James Heller, ενός βετερά..