Το Killzone2 μας μεταφέρει δύο χρόνια μετά την επίθεση των Helghast στον πλανήτη Vekta. Πλέον η ISA μεταφέρει την μάχη στον πλανήτη των εχθρών της, στον κόσμο του Helghan. Ο στόχος της ISA είναι αδιαπραγμάτευτος. Σύλληψη του ηγέτη των Helghast -του Αυτοκράτορα Visari- και διάλυση της πολεμικής μηχαν..